Alih-alih makhluk berkepala gepeng, ia justru menemukan hal yang lebih aneh. Sekitar 6 meter di bawah permukaan laut ia menemukan serangkaian monolit atau batuan besar, yang menurut Aratake, terlihat mirip undakan di sisi gunung.
Formasi persegi panjang raksasa itu memiliki sudut 90 derajat yang sempurna. Ada bagian dinding yang lurus, bentuk mirip tangga, juga kolom.
Lalu, muncul lah perdebatan sengit: apakah situs tersebut terbentuk secara alami, batuan alami yang telah dimodifikasi, atau struktur buatan manusia seutuhnya.
Sejumlah ahli mengunjungi situs tersebut, mencoba menemukan petunjuk. Namun, hingga hari ini misteri itu belum terkuak.
Awalnya sejumlah orang berpendapat, Monumen Yonaguni dibangun di area di atas laut sekitar 10 ribu tahun lalu. Lalu wilayah itu tenggelam ditelan lautan.
Jadi, apakah benar situs berjuluk 'Japan's Atlantis' itu adalah peninggalan peradaban pra-glasial yang akhirnya karam?
Sebagian orang lainnya menduga, struktur tersebut adalah akibat dari gempa dahsyat yang terjadi 2.000 sampai 3000 tahun lalu? Para ahli tak sepakat dengan itu.
Masaaki Kimura, ahli geologi kelautan dari University of the Ryukyus sudah menyelami lokasi Yonaguni selama lebih dari 100 kali dalam kurun waktu 20 tahun untuk memetakannya.
Ia dan timnya menemukan formasi lengkungan besar, sejumlah bangunan yang diduga kuil, pahatan, paving jalan, dan struktur mirip piramida yang panjangnya mencapai 76 meter.
Kimura yakin, itu adalah sisa-sisa sebuah kota yang tenggelam akibat gempa.
Sejauh ini, ia telah mengidentifikasi 10 struktur Yonaguni dan 5 struktur lain yang terkait di pulau Okinawa -- yang mencakup area 300 meter x 150 meter.
"Menurut saya, sulit untuk mengatakan bahwa itu adalah struktur alami. Sebab, ada banyak bukti yang mengarah pada campur tangan manusia," kata Kimura, seperti Liputan6.com kutip dari News.com.au, Sabtu (19/9/2015).
"Struktur terbesarnya terlihat rumit, monolitik, berupa piramida atau punden berundak yang menjulang 25 meter dari dasar laut."
Kimura menambahkan, ada temuan karakter dan monumen yang menggambarkan binatang. "Yang mengarah pada dugaan kebudayaan yang ada di sana berasal dari daratan Asia. Misalnya, sphinx bawah air yang menyerupai raja China atau Okinawa."
